L'histoire ancienne de San Ponso est presque exclusivement gravée dans la pierre.
La présence de nombreuses pierres tombales, dont quatre en marbre blanc, soigneusement gravées, aux côtés d'autres stèles de tradition gauloise, confirme l'intense processus de romanisation de San Ponso.
Les informations concernant la période lombarde, à laquelle remonte l'église paroissiale, sont plutôt fragmentaires, malgré la présence d'un village-forteresse sur les hauteurs de Belmonte.
Au cours des siècles sombres du Moyen Âge, San Ponso a suivi le sort de nombreux petits villages déchirés par les guerres, flagellés par la misère et les épidémies. Aux XVIe et XVIIe siècles, il fait partie de Salassa et relève de la juridiction des comtes de Valperga ; il retrouve son autonomie civile avec la constitution en commune en 1693, pour la perdre ensuite en 1929, lorsqu’il est à nouveau rattaché à Salassa. Il redevient définitivement autonome en 1947.
À signaler, le baptistère : il s'agit d'un édifice datant de la fin du Xe siècle ou du début du XIe siècle qui devait flanquer une église paroissiale romane, située à l'endroit où se dresse aujourd'hui l'église paroissiale baroque dédiée à San Ponso. Le site abritait depuis l'époque romaine un cimetière, comme en témoignent certaines pierres tombales des Ier et IIe siècles après J.-C. mises au jour. Le haut clocher situé au-dessus de la coupole constitue un ajout curieux datant de 1585, en décalage avec le style roman.