Di valore scientifico a livello internazionale, e prima in Italia come importanza, è la raccolta di uccelli mosca o colibrì, costituita da oltre di 1100 volatili raggruppati in 226 specie su 334 conosciute. Di ogni specie sono quasi sempre presentati gli esemplari nei due sessi e per alcune anche individui in livrea giovanile o in rare forme di ibridismo. La raccolta fu donata al Collegio San Giuseppe nel 1945. Inoltre, nel Museo è allestita una piccola sala con apparecchiature didattiche usate dai Fratelli ecclesiastici nel XIX secolo per insegnare il Sistema Metrico Decimale.

Orario di visita: E’ possibile su prenotazione, chiedendo del Prof. Fratel Giovanni Sacchi, naturalista e conservatore del museo.